Showing posts with label GMO. Show all posts
Showing posts with label GMO. Show all posts

Friday, October 31, 2014

Bacteria in and on your body


(With thanks to Alfonso Jiménez-Sánchez for the article "ADN libre" in his blog "La Ciencia también es Cultura" and to Hans Bergmans, whose comments and corrections I gratefully incorporated)

Many different bacteria (microorganisms) inhabit all those parts of the human body that are in frequent contact with the outside world. Under certain health conditions some bacteria (so-called pathogens) can cause illnesses, but most of the time they live with us in harmony, providing functions that are vital for our survival (like food digestion and breaking down poisons).

Studies have estimated that there are about 10 bacteria for every human cell in our body. But how many cells do we have? This is difficult to determine. If our body would contain 10 trillion cells (10 x 1012) the weight of 100 trillion bacteria (average weight = 5 x 10-12 gram) would be 500 gram or half a kilogram. There are also estimates that the total weight of bacteria in and on the body of an adult person amounts to 1 to 3 kg.

 

A bacterium from our gut, like Escherichia coli, can have many different sizes and shapes. These bacteria can weigh between 0.5 to 10 x 10-12 gram depending on their growth condition.

Previously a few hundred bacterial species were isolated from the human body. In 2012, researchers from the "Human Microbiome Project" published reports describing 10,000 species in our body, based on analysis of  their DNA. The vast majority of these species have not yet been cultured. Taken together their DNA codes for some 8 million unique proteins, that is 360 times the number of proteins coded by our own DNA. Many of those proteins help us to digest and absorb the food we are eating. But, in addition, the bacteria produce compounds like vitamins that our genes cannot produce (genes are "instruction manuals" present in every single cell of our body; they direct the building of proteins, the "machines" that make our body function).

When we eat our food consisting of plant and animal tissue, we eat cells that contain DNA. This DNA is broken down into small fragments. According to a recent study (Spisák and others, July 2013) some of these fragments can contain genes and can end up in our blood stream (see also Alfonso Jiménez Sánchez, who pointed out this article to me in his article "ADN libre").



The article of Spisák in PLOS ONE (July, 2013)

How should we read such a difficult, technical article? Either, as a human being with deep-seated fears for the uncertainties life brings us, or, as a skeptic who accepts the uncertainties of life, but does not immediately accept the remarkable results in this article?
The first category is well supplied by, for instance, anti-GMO web sites (links 1 and 2) like ISIS (Institute of Science In Society), in which "the hazards of GM and other unknown nucleic acids introduced into the human food chain by GMOs" are emphasized. The second category is supplied, for instance, by a pro-GMO blog "The skeptical Raptor", in which it is pointed out that this mystery has not yet been confirmed by an independent study and that, if it is confirmed, it must always have been so. (See also "The Conversation".)
There is a strange tendency amongst critics of genetic engineering, to assume that the DNA that has been added or changed in a transgenic organism (GMO) has a special status amongst the vastly larger amount of DNA that is naturally present in the organism. The transgenes do not differ in physical and chemical properties from the DNA of other organisms. It is likely that fragments of DNA of any organism that we eat will find its way into our body. In fact, during millions of years of evolution we have developed as organisms that, for our maintenance and multiplication, have to rely on eating other organisms, and thus on eating their DNA. Vast amounts of DNA have entered our system, but there has never been any evidence that this DNA is doing something wrong. No form of cancer has been identified that results from the plant or animal DNA we are eating. Why would the transgenic DNA in a trangenic organism then behave differently?
This last question will certainly not take away the anxiety in people who do not like to live with uncertainties.


Sunday, June 29, 2014

Reizen langs de San Andreas Fault en de angst voor aardbevingen en genetisch gemodificeerd voedsel


(english follows dutch)
Op 23 april 2014 haalden LeRoy en Mary Grace Bertsch ons op van het vliegveld van San Francisco en reden ons langs en over de San Andreas Fault naar Palo Alto. De weg (Highway 200) voerde ons langs een reeks kleine meertjes, Crystal Spring reservoirs, die de stad van water voorzien. Net als 40 jaar eerder zouden we weer bij hen logeren, vlakbij het luxueuse Stanford. Al vanaf de zestiger jaren was LeRoy Bertsch betrokken bij de eerste experimenten van in vitro DNA synthese in het laboratorium van Arthur Kornberg (Stanford).



Volgens de "Bay Area Forecast" in de San Francisco Chronicle van 20 april 2014 waren er de afgelopen week slechts 8 kleine aardbevingen geweest (1-2 op de schaal van Richter; rode pijlen).

25 april 2014. Hoewel er in de Bay Area bijna elke dag wel een (kleine) aardbeving wordt geregistreerd, hebben we er  (helaas?) geen meegemaakt. Je kan de Fault niet zien en angst voor aardbevingen lijkt er bij de bevolking niet te zijn.

Op weg naar Monterey maken we een omweg naar de missiepost San Juan Bautista (Doper), waar je de Fault wél kan zien.  In 1797 werd deze Missie vlak langs rift-vallei gebouwd. Misschien dacht Bautista dat er wel eens een riviertje zou stromen waarin het goed dopen was? Daar hebben ze dus in de loop der tijd vele aardbevingen meegemaakt! Het grote gebouw is in 1950 grondig gerestaureerd.


De San Andreas Fault loopt van links naar rechts langs de missiepost. Vlak achter dit beeld van San Juan Bautista is de steile helling van de langgerekte inzinking van het land (de zgn. riftvallei) te zien.

26 april 2014. Na 40 jaar zijn Lidie en ik weer terug in Asílomar (Pacific Grove). Langzaam begin ik de houten huizen, gebouwd rond 1913, te herkennen. Zaten we toen niet in de "Scripps Lecture Hall"? Ik herinner me dat je vanuit het conferentiezaaltje zó het prachtige strand kon oplopen. Maar ik had toen zeker geen oog voor al die mooie, door de wind vervormde Monterey Pines; ik was als jonge postdoc té zenuwachtig op mijn eerste buitenlandse congres in november 1974.
Nóg herinner ik mij de emoties tijdens de discussie tussen Barbara Wright (Boston) en John Ashworth (Essex) over het moleculaire mechanisme dat de ontwikkeling van de slijmzwam Dictyostelium beinvloedt. De amoeben groeien en delen als ééncelligen, maar voegen zich samen tot een meercellig organisme zodra er te weinig voedsel is. Hoe wordt deze omschakeling gesignaleerd? Wright was van de "holistische" aanpak (je moet naar het héle organisme kijken) en moest niets hebben van de moderne, "reductionistische" (lees: moleculair genetische) aanpak van Ashworth.
Maar het was deze laatste aanpak die in de meeste praatjes aan bod kwam. Per slot van rekening was dit de tijd van de opkomst van het recombinant DNA onderzoek. Hierin werd, o.a. door Paul Berg (Stanford), de techniek toegepast waarin DNA van een bepaald virus met een enzym in fragmenten geknipt werd. In een tweede stap werd vervolgens het DNA van een ander virus geknipt, waarna een DNA-fragment van het eerste virus in het DNA van het tweede virus geplakt werd. In een laatste stap zou het nieuwe, gerecombineerde DNA in de bacterie Escherichia coli gebracht kunnen worden, waarmee een genetisch gemodificeerde bacterie verkregen zou zijn.

Zicht vanaf het strand op het conferentieoord Asilomar, verscholen achter de Monterey Pines.

Maar Paul Berg heeft deze laatste stap toen niet uitgevoerd. Op een enkele maanden eerder in Asilomar gehouden conferentie (juli, 1974) pleitte hij, samen met 10 andere wetenschappers (waaronder de mede-ontdekker van de dubbele helix, James Watson), voor een uitstel van alle activiteiten op het gebied van recombinant DNA technologie.

In februari 1975 werd opnieuw een conferentie in Asilomar gehouden, waarbij juristen, artsen en journalisten aanwezig waren. Er heerste angst dat de genetisch gemodificeerde darmbacterie gevaar voor onderzoekers en publiek zou opleveren. Op deze unieke en publieke conferentie werden strikte regels besproken waaraan de onderzoekers zich moesten houden. Dankzij deze restricties kon enerzijds het onderzoek verder gaan, anderzijds werd de angst bij het publiek verminderd.
Nu, 40 jaar later, is de recombinant DNA technologie, samen met de regels van restricties en containment, niet meer uit biologisch onderzoek weg te denken. Ook zijn geen gevallen bekend waarin de volksgezondheid ooit in gevaar is gekomen.


De baai van Monterey (april, 2014).

Met het succes van de recombinant DNA technologie heeft zich echter ook de angst en het verzet ertegen bij het publiek ontwikkeld. De meeste mensen willen of kunnen immers niet met onzekerheden leven. Er is nu sprake van een onverzoenlijke, op ethische en religieuze waarden gestoelde tegenstand. Zie bijvoorbeeld websites als die van Mike Adams.

Hoe valt een leek uit te leggen dat genetisch gemodificeerd voedsel geen kanker veroorzaakt? Daarvoor is een lange weg van onderricht noodzakelijk. Voor wie geen zin heeft die moeilijke weg te bewandelen is er de nieuwe "BIO-religie": die zegt dat alleen "biologisch of organisch" gemaakt voedsel gezond en "eerlijk" is. Het geloof daarin, vergelijkbaar met het geloof in onze fragiele, "Blauwe Planeet", bespaart een hoop lees- en denktijd, maar maakt al het voedsel wel wat duurder.

Informatie over voeding op een niet-alarmistische wijze geschreven is te vinden op de website van het Voedingscentrum.

27 april 2014. Om 6 uur 's ochtends waren er nog weinig mensen op het strand van Asílomar; alleen meeuwen, bruine pelikanen en strandlopertjes. Maar een half uur later, op de terugweg, kwam er een grote groep mensen vanuit het congrescentrum naar het strand gelopen. Een achterblijfster liep met een Boek en wat plaatjes van planten en dieren in haar hand. Ik vroeg haar wat ze ging bestuderen. Ze deed haar oordoppen uit en vroeg me wat ik gezegd had. "Are you going to study?". Ze keek me met een hemelse glimlach aan en zei: "To study and pray, sir." Dat kan dus ook.
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Traveling along the San Andreas fault
and fear for earthquakes and genetically modified foods (GMO)

On April 23, LeRoy and Mary Grace Bertsch picked us up from the airport in San Francisco and drove us along and across the San Andreas Fault to Palo Alto. The Road (Highway 200) took us along a series of small lakes, the Crystal Spring reservoirs, that supply the city with water. Just like 40 years ago we would stay with them, near the luxurious Stanford. In the early sixties LeRoy Bertsch was involved in the first experiments on in vitro DNA synthesis in the laboratory of Arthur Kornberg (Stanford).
April 25, 2014. Though in the Bay Area almost every day a (small) earthquake is recorded, we have (unfortunately?) none experienced. You can not see the Fault and therefore there seems to be no fear for it in the population.
LINK: http://www.sanandreasfault.org/Information.html
We make a detour on the way to Monterey to the Mission San Juan Bautista (Baptist), who built it in 1797 right along the fault or rift valley, that is well visible here. Probably he thought that the rift was a river suitable for baptizing? In the course of time they have experienced many earthquakes! The large building was thoroughly restored in 1950.
April 26, 2014. After 40 years Lidie and I are back in Asilomar (Pacific Grove). Slowly, I start to recognize the wooden houses, built around 1913. Were we not in the "Scripps Lecture Hall"? I remember that you could reach the beautiful beach right from the conference hall. But then I certainly had no eye for all those beautiful, Monterey Pines, distorted by the wind. For that I was too nervous being a young postdoc on my first overseas conference in November 1974.
I still remember the emotions during the discussion between Barbara Wright (Boston) and John Ashworth (Essex) on the molecular mechanism that affected the development of the slime mold Dictyostelium. The amoebae grow and divide as individual cells, but aggregate to form a multicellular organism when there is not enough food. How is this change signaled? Wright was for the "holistic" approach (you have to look at the whole organism) and disliked the modern "reductionist" (i.e. molecular genetic) approach of Ashworth.
But it was the latter approach that was being discussed in most presentations. After all, this was the time of the advent of recombinant DNA research. Here, among others by Paul Berg (Stanford), the technique was applied in which the DNA of a given virus was digested with an enzyme into fragments; in a second step, the DNA of a different virus was cut, and then a DNA fragment of the first virus was placed (ligated) into the DNA of the second virus. In a last step, the new, recombined DNA could be introduced into the bacterium Escherichia coli, thus creating a genetically modified bacterium.
But at the time, Paul Berg has not performed this last step. In an Asilomar Conference held a few months earlier (July 1974), he argued, along with 10 other scientists (including the co-discoverer of the double helix, James Watson), for a postponement of all activities in the field of recombinant DNA technology (a voluntary moratorium).
In February 1975 a conference was again held in Asilomar, with lawyers, doctors and journalists in the audience. There was fear that the genetically modified gut-bacteria may endanger researchers and public. In this unique and public conference strict rules were discussed to which researchers had to keep. These restrictions allowed investigations to continue, while reducing the fear of the public.
Now, 40 years later, the recombinant DNA technology, along with the rules and restrictions of containment, has become routine and dominates biological research. There are no known cases in which the public has ever been endangered.
Together with the recombinant DNA technology, however, fear and resistance have developed by the public. Most people cannot or do not want to live with uncertainties. There is now an irreconcilable opposition based on ethical ​​and religious values. How can a layman be explained that GM food does not cause cancer? This requires a long way of teaching. For those who do not want to walk that difficult path, there is the new "BIO-religion" that says that only "organic" foods are ​​healthy and "fair". The belief in it, comparable to that in our fragile, Blue Planet, saves a lot of time to read and think, but makes all the food a bit more expensive.
April 27, 2014. At 6 o'clock in the morning there were few people on the beach at Asilomar.; only gulls, brown pelicans and little sandpipers. But half an hour later, on the way back, there was a large group of people walking from the convention center to the beach. A last person walked with a book and some pictures of plants and animals in her hand. I asked her what she was studying. She took her ear plugs out and asked me what I had said. "Are you going to study?". She looked at me with a heavenly smile and said: "To study and pray, sir." That is also possible.


Wall painting in Monterey: "Once I saw two Victorian ladies rafting on Lake Majella that used to be down by Asilomar before the sand plant ate all of the xxxx dunes".